Genomic characterization of Turkish barley (Hordeum vulgare L.) cultivars using retrotransposons-based molecular markers

Türkçe

Kökeni Doğu Akdeniz ülkelerine dayanan, hayvan yemi ve maltlık olarak tüketilen arpanın, dünyanın birçok bölgesinde tarımı ve ıslahı yapılmaktadır. Arpa çeşitlerinde genetik çeşitliliğin belirlenmesi, çeşitler arasındaki genetik ilişkilerin ortaya çıkarılması ve ıslahçı haklarının korunması için moleküler yöntemlerden faydalanılmaktadır. Bu çalışmada, arpa genomunun önemli bileşenlerinden olan BARE-1 retrotranspozonu ile ilişkili IRAP (Retrotranspozon-arası Çoğaltılmış Polimorfizm), REMAP (Retrotranspozon-Mikrosatellit Çoğaltılmış Polimorfizmi) ve iPBS (Primer Arası Bağlanma Yeri Polimorfizmi) olarak adlandırılan moleküler belirteçler kullanılarak ulusal birçok çeşidin karakterizasyonu yapılmıştır. Toplamda 211 alel olmak üzere, 3 IRAP primer çifti 49.5 REMAP primer çifti 55 ve 7 iPBS primer çifti için 107 alel tespit edilmiştir. Lokus başına ortalama 14 alel belirlenmiştir. Polimorfik Bilgi İçeriği (PIC) ortalama değeri REMAP için 0.407, IRAP için 0.454 ve IPBS için de 0.442 bulunmuştur. Genetik benzerlik değerleri 0.41 ila 0.93 arasında değişmiştir. Tüm belirteçler için ortalama fark yöntemi (UPGMA) kümeleme analizi yapılarak, çeşitler genetik benzerliklerine göre gruplandırılmışlardır. Bu çalışmada, fazla sayıda alel ve yüksek PIC değeri vermeleri, ucuz ve kolay elde edinimleri nedeniyle, transposon temelli moleküler belirteçler ile çok yakın ilişkili çeşitlerin dahi ayrımının kolay bir şekilde yapılabileceği görülmüştür. Transposon esaslı belirteçler, çeşitler arasında genetik ilişkileri belirlemenin yanı sıra genetik kaynakların korunmasında ve tohum bankalarının yönetiminde faydalı olabilecektir.