Evaluation of Genomic Variants in Non-syndromic Congenital Heart Disease in Turkish Pediatric Group

OpenAlex İngilizce

Objective: Congenital heart disease (CHD) is the most common congenital malformation in the population, and so far, all the known genetic factors could explain only 20-25% of the cases. Material and Methods:In this study, microarray analysis was performed, and next-generation sequencing of Myosin Heavy Chain 6 (MYH6), NK2 Homeobox 5 (NKX2-5), GATA Binding Protein 4 (GATA4), Notch Receptor 1 (NOTCH1), and T-Box Transcription Factor 1 (TBX1) genes, which are known to be involved in the etiology of nonsyndromic CHD, was performed in 40 patients with isolated cardiac defects between the ages of 0-18 and 40 age-matched controls.Results: In microarray analysis, 9 novel copy-number variations (CNVs) that were not reported in population databases, and included OMIM genes were detected in 1.5% (6/40) of the patients.Even though the detected CNVs had not been previously associated with CHDs and were classified as Variant of Uncertain Significance (VUS), overall CNV count burden in the patient group was significantly higher than in the control group.Also, there were no pathogenic/likely pathogenic sequence variants in MYH6, NKX2-5, GATA4, NOTCH1, and TBX1 genes.The c.700C>T [p.(Arg234Cys)] and c.5949C>G [p.(Asn1983Lys)] in the NOTCH1 gene were classified as VUS and have not been detected in the control group.Conclusion: Although microarray technologies and candidate gene sequencing are useful diagnostic tools, routine genetic testing of sporadic non-syndromic CHD patients is controversial.We believe Giriş: Konjenital kalp hastalıkları (KKH) toplumda en sık görülen malformasyonlar olmakla birlikte bilinen genetik faktörler tüm olguların yaklaşık %20-25'lik kısmını açıklayabilmektedir.Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada 0-18 yaş arasında izole KKH tanısı alan 40 olgu ve benzer yaş grubundaki 40 kontrol bireyin periferik kan örneklerinde, KKH etiyolojisinde rol oynadığı bilinen MYH6, NKX2-5, GATA4, NOTCH1 ve TBX1 genlerinin yeni nesil dizi analizi yöntemleriyle dizilenmesi ve mikrodizin analizleri çalışılmıştır.Bulgular: Mikrodizin analizi sonucunda olguların %1,5'unda (6/40) OMIM geni içeren ve popülasyon veritabanlarında daha önce bildirilmemiş 9 kopya sayısı değişimi tespit edilmiştir.Tespit edilen kopya sayı varyasyonları daha önce KKH ile ilişkilendirilmemiş ve klinik önemi belirsiz (KÖB) varyant olarak sınıflandırılmış olsa da, hasta grubundaki toplam CNV yükü kontrol grubuna kıyasla anlamlı derecede daha fazla olarak değerlendirilmiştir.İlave olarak olgu grubunda dizi analizi ile değerlendirilen MYH6, NKX2-5, GATA4, NOTCH1 ve TBX1 genlerinde patojenik/olası patojenik olarak sınıflandırılan herhangi bir sekans varyantı saptanmamıştır.NOTCH1 geninde, kontrol grubunda bulunmayan ve KÖB olarak sınıflandırılan c.700C>T p.(Arg234Cys) ve novel c.5949C>G p.(Asn1983Lys) varyantları tespit edilmiştir.